副サイトを削除する場合も、「サイト情報の登録・修正」ページより手続きを行います。
主サイトはそのままでは削除できませんので、削除したい場合は副サイトと入れ替えてください。

◆副サイト登録削除の手順◆
１）管理画面の右上部にある「登録情報」のリンクから「サイト情報の登録・修正」ボタンをクリック。
２）再認証の画面になりますので、ログインID・パスワードをご入力ください。
３）削除したいサイトの右にある「修正」をクリック。
４）「削除」欄で「削除する」を選択して「確認」をクリック。
５）入力された内容の確認画面が表示されますので、「修正する」ボタンをクリック。

「サイトの登録・修正・削除 結果」という画面まで進めば手続きは完了となります。

【関連リンク】
副サイトと主サイトを入れ替えたいのですが？
/a8/as/faq/2005/08/post_137.html