サーバー側の都合等で全く同じページが複数のURLから閲覧できる場合は、片方のみの登録で問題はありません。

そのため、www.の有無の違いについては副サイト登録の必要はありません。
ミラーサイトの場合のように全く別のサーバーに同一のページが存在している場合は副サイト登録していただいております。
また、独自ドメインと元のドメインの両方から閲覧できる場合などは、２つのURLに全く関連が無い状態になりますので、できるだけ副サイト登録をして下さい。