以下の手順で主サイトを変更できます。

１）管理画面の右上部にある「登録情報」のリンクから「サイト情報の登録・修正」ボタンをクリック。
２）再認証の画面になりますので、ログインID・パスワードをご入力ください。
３）主サイトに変更したいサイトの「主サイトに変更」ボタンをクリック。
４）確認画面が出ますので、「OK」をクリックして完了です。
主サイトを削除したい場合、そのままでは削除できませんので、一旦主サイトを入れ替えてから削除してください。

【関連リンク】
副サイト登録を削除したい。
/a8/as/faq/2005/08/post_33.html